Urodził się 22 stycznia 1913 w Chełmży. Syn Ludwika Frelichowskiego i Marty z domu Olszewskiej. Rodzice jego mieli sześcioro dzieci: Czesława, Leonarda, Stefana Wincentego, Eleonorę, Stefanię oraz Marcjannę Martę.
Podstawowym źródłem utrzymania rodziny była piekarnia i cukiernia, prowadzone przez ojca.
W wieku 9 lat został ministrantem.
Po ukończeniu czterech klas szkoły powszechnej wstąpił w 1923 do ośmioklasowego męskiego Pelplińskiego Gimnazjum Humanistycznego w Chełmży. Na terenie gimnazjum działało kilka organizacji młodzieżowych, w tym Sodalicja Mariańska i harcerstwo. W czwartej klasie gimnazjalnej, dnia 26 maja 1927 został przyjęty do Sodalicji.
W dniu 21 marca 1927 wstąpił do Związku Harcerstwa Polskiego, do 2 Pomorskiej Drużyny Harcerzy im. Zawiszy Czarnego w Chełmży (Hufiec Toruń). 26 czerwca 1927 złożył przyrzeczenie harcerskie (krzyż harcerski L. 632 seria XXXII). W następnym roku, będac już drużynowym, uczestniczył w zlocie środowiska chełmżyńskiego z okazji Dnia Harcerza. Drużynę prowadził do sierpnia 1931.
Zdobyte stopnie harcerskie i instruktorskie:
W czerwcu 1931 zdał maturę, a jesienią wstapił do Wyższego Seminarium Duchownego w Pelplinie. W seminarium prowadził ożywioną działalność w różnych organizacjach i kołach seminaryjnych: w ruchu abstynenckim, w akcji misyjnej i charytatywnej na terenie diecezjalnego Caritas.
Był czlonkiem kręgu kleryckiego działającego w ramach Starszoharcerskiego Zrzeszenia Kleryków ZHP, a w latach 1933 - 1936 jego przewodniczącym.
Sprawował opiekę nad drużynami harcerskimi działającymi w Pelplinie. Latem 1935 zorganizował wycieczkę letnią i wyjazd 20 osobowej grupy harcerzy na Jubileuszowy Zlot Harcerstwa Polskiego w Spale.
14 marca 1937 przyjął święcenia kapłańskie w katedrze pelplinskiej z rąk biskupa Stanislawa W. Okoniewskiego. Najpierw pełnił obowiązki sekretarza i kapelana biskupiego, a od 1 lipca 1938 wikariusza parafii pw. Wniebowzięcia Najswiętszej Marii Panny w Toruniu.
Dał się poznać jako wzorowy kapłan, opiekun chorych, przyjaciel dzieci i młodzieży, organizator prasy kościelnej i działacz misyjny. Jednocześnie pełnił funkcję kapelana Pomorskiej Chorągwi Harcerzy ZHP. Działał w Kierownictwie Wydziału Starszoharcerskiego chorągwi, był redaktorem biuletynu "Zew Starszoharcerski".
W przededniu wybuchu II wojny światowej uczestniczył w Pogotowiu Harcerek i Harcerzy.
11 września 1939 został aresztowany przez Gestapo wraz z wszystkimi księżmi ze swojej parafii.
Następnego dnia niemal wszystkich zwolniono, jedynie ks. S. W. Frelichowski pozostał uwięziony o jeden dzień dlużej. Prawdopodobną przyczyną tego była jego przedwojenna działalność w harcerstwie i silny wpływ na młodzież. Kilka dni póżniej nastąpiły dalsze masowe aresztowania Polaków w Toruniu. W dniu 18 października 1939, wsród około 700 zatrzymanych osób, znalazł się także ks. S. W. Frelichowski. Uwięzionych osadzono w Forcie VII, stanowiącym fragment pruskich fortyfikacji opasujących miasto.
8 stycznia 1940 wraz z grupą ponad 200 wieźniów został przewieziony do obozu przejściowego w Gdańsku-Nowym Porcie (pracował tam m.in. przy uprzątaniu zniszczeń wojennych na Westerplatte), a po kilku dniach trafił do znajdującego się w stadium organizacji obozu koncentracyjnego w Stutthofie. Duchowni należeli tam do najbardziej gnębionych grup. Na wiosnę 1940 wraz z grupą okolo 100 kapłanów został przeniesiony do oddziału obozu Stutthof znajdującego się w położonej 20 km od Gdańska miejscowości Grenzdorf (Graniczna Wieś). 6 kwietnia 1940 powrócił do Stutthofu, a trzy dni później został wywieziony do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen.
W połowie grudnia 1940 wszystkich księży z Sachsenhausen wywieziono do obozu w Dachau, które stanowiło główne skupisko duchowieństwa z całej Europy, szczególnie z Polski. Pomimo ekstremalnych warunków pełnił nadal posługę kapłańską. Organizował wspólne modlitwy, spowiadał, sprawował potajemnie msze i rozdzielał komunię św.
Na przełomie 1944/45 w obozie wybuchła epidemia tyfusu. Władze obozowe nawet nie próbowały z nią walczyć; poprzestały na odizolowaniu zarażonych baraków, ogrodzeniu ich drutem kolczastym i postawieniu straży. Ks. S. W. Frelichowski zaangażował się w pomoc chorym, udało mu się także zachęcić do tego 32 innych kapłanów. Podczas udzielania tej dobrowolnej pomocy chorym wspólwięźniom sam zaraził się tyfusem plamistym, który w połączeniu z zapaleniem płuc, doprowadził w dniu 23 lutego 1945 do jego śmierci.
Władze obozowe, łamiac obowiązujacą praktykę, zgodziły się przed kremacją na wystawienie zwłok ks. S. W. Frelichowskiego na widok publiczny, w wyłożonej białym prześcieradłem i udekorowanej kwiatami (!) trumnie.
Współwięźniowie byli przekonani od samego początku o jego świętości. Zanim spalono ciało, Stanisław Bieńka - studiujący przed wojną medycynę, zdjął z twarzy pośmiertną maskę, w której też zagipsował jeden z palców prawej ręki. Drugi palec, zagipsowany tak by przypominał jedynie kawałek kredy, zachował ks. Bernard Czapliński. Ks. Dobromir Ziarniak z diecezji gnieźnieńskiej, zachował i przywiózł do Polski kostkę z jego palca.